Nouvelles techniques d'analyse de séquence des protéines

BUT DE LA FORMATION
   Apprendre à extraire de la séquence d’une protéine toutes les informations possibles (organisation en domaines, motifs structuraux et de séquence, homologues, résidus importants, évolution, structure 3D). Vous maîtriserez des logiciels de pointe, comme HHblits ou HHpred, beaucoup plus puissants que les traditionnels Blast ou ClustalW, et tout aussi simples d’utilisation.

PROGRAMME

• Jour 1. Analyse de séquences individuelles
  • Rappels sur les liens séquence-structure-évolution des protéines
  • Prédiction de motifs structuraux (régions transmembranaires, coiled-coils...)
• Jour 2. Alignements multiples de séquences
  • Principes qui guident un alignement
  • Tutoriel sur Jalview, logiciel de visualisation de séquence
  • Motifs structurels ou fonctionnels identifiables à partir d'un alignement
• Jour 3. Recherche d'homologues
  • Pourquoi détecter des homologues ?
  • Précautions à prendre
  • Détecter des homologues : Psi-blast, HHblits, HHpred
• Jour 4. Manipulation et analyse de structures 3D
  • Principes de structure des protéines
  • Tutoriel sur Chimera, logiciel de manipulation de structure 3D
• Jour 5. Application aux protéines des participants

PRÉREQUIS
- aucune connaissance en programmation requise (la formation est entièrement sur logiciels gratuits avec interfaces conviviales)
- venir avec une protéine à analyser
- être familier avec le code génétique et la biochimie des protéines
- maîtriser la bureautique
- être familier avec l’anglais scientifique écrit

DURÉE
5 jours

PUBLIC VISÉ
Chercheurs, ingénieurs, doctorants

EFFECTIF PAR SESSION
8 participants max

COÛT
Devis disponible sur demande

MÉTHODES PÉDAGOGIQUES

• Deux tiers pratique, un tiers théorie.
• Un soin particulier est apporté à expliquer les principes et les limites de telles analyses
• La dernière journée est entièrement consacrée à l’analyse de leurs protéines. Le groupe est scindé en deux et bénéficie de l'expertise de deux formateurs
  

LES FORMATEURS

- David Karlin, PhD (ITG Formation)

- François Ferron, CR1 CNRS (Laboratoire AFMB, Marseille)

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POURQUOI M'INSCRIRE ?

• Parce que savoir analyser rigoureusement la séquence de votre protéine vous fera gagner beaucoup de temps et vous épargnera de nombreuses erreurs courantes (voir témoignages ci-dessous).
• Parce qu'aujourd'hui on peut presque toujours récupérer des informations précieuses par analyse de séquences
  
• Parce qu'il y a tellement d'outils que vous avez peu de chance d'utiliser les meilleurs sans être guidé(e)
  
• Parce que vous perdez du temps en utilisant des outils des années 1990 (faites-vous encore du séquençage radioactif ?)

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Témoignages

Rozenn GARDAN
CR1 INRA
Jouy en Josas (France)

"J’ai aimé le côté ‘bioinformatique pour les nuls’, qui enlève le stress et les complexes"


J’ai reçu des infos théoriques simples et clairement expliquées sur des points que j'avais plus ou moins oubliés ou jamais appris, concernant par exemple la structure des protéines, ou les banques de données. Et des infos pratiques sur des logiciels que je ne connaissais pas ou que j'utilisais de manière non optimale

Ce que j’ai le plus aimé c’est le coté "bioinformatique pour les nuls" (absence de lignes de commande ou de jargon de bioinformaticien) qui enlève le stress et les complexes face à son ordinateur ou à ses collègues.
 
Fini les blast avec le serveur du NCBI !
J’ai apprécié d’apprendre une méthodologie que je vais essayer d'appliquer à d'autres protéines ; même s'il n'y a pas de remède miracle. Je pense que j'ai rattrapé un peu de mon retard (fini les blast avec le serveur du NCBI !).  Je pense aussi que les interactions avec ma cristallographe et mon bioinformaticien préférés seront plus fructueuses
 
Je recommanderais cette formation sans hésiter car je la trouve adaptée aux expérimentalistes, qui ne peuvent plus se passer de la bioinfo. Merci !

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 Renaud Seigneuric
 Maître de conférences
 Université de Bourgogne (France)

 "J’ai apprécié qu’il y ait évaluation de
 notre niveau avant la formation pour
 constituer un groupe homogène"

Grâce à cette formation, j'ai pu acquérir des notions complexes, des savoir-faire que j'aurais mis beaucoup de temps à apprendre autrement (par exemple, cela fait plus d’un an que j'avais installé Jalview et commencé à le manipuler...)
 
Ce que j’ai le plus aimé dans la formation, c’est l'ambiance décontractée propice aux questions et à l'apprentissage, avec un rythme soutenu mais varié, qui a permis d'aborder de nombreux points tout au long de la semaine sans saturer.
 
Il y a beaucoup d’autres choses que j’ai appréciées ! Entre autres, le fait qu'il y ait une évaluation de notre niveau et des échanges par e-mail avant la formation, afin de constituer un groupe le plus homogène possible ; les recommandations qui nous ont été faites pour choisir des logiciels performants et conviviaux ; les références bibliographiques liées à la formation et à l’après-formation ; le fait de rencontrer d'autres personnes qui ont des préoccupations semblables.
 
Je recommanderais cette formation pour sa qualité et son style original, grâce à un binôme complémentaire qui est très appréciable.

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