Formations en communication & management scientifique
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Nouvelles techniques d'analyse de séquence des protéines

BUT DE LA FORMATION
   Apprendre à extraire de la séquence d’une protéine toutes les informations possibles (organisation en domaines, motifs structuraux et de séquence, homologues, résidus importants, évolution, structure 3D). Vous maîtriserez des techniques de pointe, comme HHblits ou HHpred, beaucoup plus puissantes que les traditionnels Blast ou ClustalW, et tout aussi simples d’utilisation.
PROGRAMME
  • Jour 1. Analyse de séquences individuelles
    • Rappels sur les liens séquence-structure-évolution des protéines
    • Prédiction de motifs structuraux (régions transmembranaires, coiled-coils...)
  • Jour 2. Alignements multiples de séquences
    • Principes qui guident un alignement
    • Tutoriel sur Jalview, logiciel de visualisation de séquence
    • Motifs structurels ou fonctionnels identifiables à partir d'un alignement
  • Jour 3. Recherche d'homologues
    • Pourquoi détecter des homologues ?
    • Précautions à prendre
    • Détecter des homologues : Psi-blast, HHblits, HHpred
  • Jour 4. Manipulation et analyse de structures 3D
    • Principes de structure des protéines
    • Tutoriel sur Chimera, logiciel de manipulation de structure 3D
  • Jour 5. Application aux protéines des participants
MÉTHODES PÉDAGOGIQUES
  • Deux tiers pratique, un tiers théorie.
  • Un soin particulier est apporté à expliquer les principes et les limites de telles analyses
  • La dernière journée est entièrement consacrée à l’analyse de leurs protéines. Le groupe est scindé en deux et bénéficie de l'expertise de deux formateurs

PRÉREQUIS
  • aucune connaissance en programmation requise (la formation est entièrement sur logiciels gratuits avec interfaces conviviales)
  • être familier avec le code génétique et la biochimie des protéines
  • maîtriser la bureautique
  • être familier avec l’anglais scientifique écrit,
  • venir avec une protéine à analyser
DURÉE
5 jours

PUBLIC VISÉ
Chercheurs et ingénieurs
EFFECTIF PAR SESSION
8-10 participants max
COÛT
Devis disponible sur demande

LES FORMATEURS
  • David Karlin, PhD (ITG Formation) - a découvert 10 domaines, déposés dans la base de données PFAM
  • François Ferron, CR1 CNRS (AFMB/CNRS/AMU, Marseille) - a résolu 40 structures de protéines

POURQUOI M'INSCRIRE ?
  • Parce que savoir analyser rigoureusement la séquence de votre protéine vous fera gagner beaucoup de temps et vous épargnera de nombreuses erreurs courantes (voir témoignages ci-dessous).
  • Parce qu'aujourd'hui on peut récupérer des informations précieuses par analyse de séquences
  • Parce qu'il y a tellement d'outils que vous avez peu de chance d'utiliser les meilleurs sans aide
  • Parce que vous perdez du temps en utilisant des outils des années 1990 (faites-vous encore du séquençage radioactif ?)

Témoignages

Vincent PAGES
Responsable d'équipe Inserm
Marseille

"Au lieu du bla-bla habituel, ta formation nous donne
une méthodologie précise"


Je m'attendais plus à du bla-bla qu'à une méthode précise et structurée pour écrire de manière plus percutante. J'avais assisté à des réunions ERC où témoignaient des chercheurs qui avaient eu le financement, ou qui étaient dans les comités. Mais leur témoignage était du type "il faut être original", "il faut être percutant"... C'est ce que j'appelle du bla-bla : tout le monde le sait.
 
Ta formation nous montre justement "Comment être original", "comment être percutant" avec des clés et une méthodologie bien précise. J'y ai trouvé des clés pour optimiser l'écriture de mes demandes de financements (en temps et en efficacité : écriture plus rapide de demandes plus percutantes).
 
Ce que j'ai le plus aimé ?  L'écriture pyramidale inversée : aller à l'essentiel dès les premières phrases. J'ai aussi aimé "l'elevator pitch" et la "phrase magique", et de répondre à des questions d'entretien typiques des comités de financement.
 
Je recommanderais cette formation car elle permet d'améliorer l'écriture des demandes de financement et d'éviter les écueils habituels, et parce qu'elle se base sur des exemples concrets, puisqu'on travaille sur nos propres demandes.
Picture
Lély TAN
Doctorante AMU
Institut d'urbanisme et d'aménagement régional, Aix-Marseille

"J’ai été étonnée de trouver une méthode d’écriture aussi systématique"
 
J’ai pris conscience que mon style d’écriture manquait d’efficacité
L’élément de la formation que j’ai le plus aimé est sans conteste la correction de ma demande de financement. Grâce aux corrections, j’ai pris conscience que mon style d’écriture manquait d’efficacité car il ne permettait pas aux évaluateurs d’avoir une compréhension rapide et précise de mon sujet. La deuxième correction (après avoir pris connaissance de la méthodologie) m’a fait aussi comprendre la nécessité de bien travailler les liaisons logiques et surtout d’aller directement au sujet. En bref j’ai acquis une écriture plus efficace ou du moins plus en phase avec les attentes des évaluateurs.   
 
Un énorme gain de temps
J’ai été étonnée de trouver une méthode d’écriture aussi systématique. Le caractère un peu mécanique m’a fait un peu peur au début mais en réalité, cela fonctionne plutôt bien. Et surtout le gain est indéniable sur le plan de la clarté et de la compréhension.  Par ailleurs, la méthodologie proposée permet de construire rapidement un argumentaire, donc un énorme gain de
temps. Je la réutilise pour mes articles ou mes communications.
 
La méthode de rédaction proposée est "imparable"
Je recommanderais cette formation car grâce à elle, j’ai appris à structurer très clairement ma demande de financement. La méthode de rédaction proposée est « imparable » car en l’utilisant : 1) J’ai su mettre en avant les points forts de mon projet ; 2) J’ai appris à identifier et à valoriser mes atouts ; 3) J’ai compris qu’il était nécessaire d’écrire le plus efficacement possible.
 
Ce que j’ai aussi apprécié, ce sont les documents annexes (pdf, tableaux…) qui constituent autant d’outils utiles pour construire sa demande de financement. Ils permettent de perfectionner sa pratique. Ils sont très concrets, car tirés de cas réels.
 
Le formateur est très à l’écoute et étudie chaque demande de financement avec beaucoup de soin. Les corrections proposées aident réellement à améliorer le texte. De plus, sa double casquette de chercheur et d’évaluateur lui permet de répondre aux questions avec précision. "

Témoignages

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